本校是香海蓮社屬下一間由教育局資助專為嚴重弱智兒童而設之特殊學校，主要接納6至18歲之嚴重弱智兒童。自1985年9月2日開校，本著佛佗慈悲喜捨的精神，為嚴重智障及多重殘障學童提供教育及住宿服務。

從長沙灣舊址遷往土瓜灣新校舍，在教育局的撥款及外間慈善機構的慷慨捐輸下，慈恩學校得以添置各種教學、治療器材及優化校舍環境在新校舍繼續秉持以學生為本的宗旨，肩負提供優質教育的使命。